존다 R은 존다 시리즈의 하드코어 버전으로 트랙 주행에 초점이 맞춰진 모델이다. 존다 R은 단 10대만 한정 생산되며 차량 가격은 140만 유로에 달한다. 파가니의 존다는 내년에 후속 모델이 나올 예정이다.

존다 R의 가장 큰 특징은 섀시는 물론 보디 패널까지 카본-파이버로 제작됐다는 것이다. 카본-파이버 때문에 차의 무게를 더욱 덜어낼 수 있었고 스타일링도 강인한 모습으로 변모했다. 존다 F와의 부품 공유가 10%에 불과할 정도로 많은 부분을 새로 개발했다. 사이즈도 달라져 전장은 394mm, 트레드는 50mm, 휠베이스는 47mm씩 늘어났다. 서스펜션을 이루는 알루미늄도 단조 방식으로 제작됐다.

엔진은 AMG에서 공급받은 750마력(72.5kg.m) 6리터 V12가 올라간다. 인테이크조차 카본-파이버로 제작됐고 다판 클러치와 배기 시스템은 레이싱 스타일이다. 존다 R의 0→60마일(96.6km/h) 가속 시간은 3.2초에 불과하고 최고 속도는 397km/h에 달한다. 변속기는 6단 시퀀셜이 기본이다. 파가니는 존다 R이 존다 F 클럽스포트 보다 빠른 뉘르부르크르링 랩 타임(7분 27초 82)을 기록할 것으로 기대하고 있다.